No final da década de 70, José H. Prado Flores, leigo católico, professor do Instituto das Sagradas Escrituras, decide dedicar-se somente à pregação, visitando diferentes cidades do México, inclusive cidades de outros países da América Latina, bem como dos Estados Unidos. Foi neste instante que, inspirado pelo Espírito Santo, começou a surgir o projeto de se fazer algum curso para formar apóstolos da Palavra. Neste ambiente em que vivia a Igreja, de profundas mudanças e abertura ao trabalho missionário dos fiéis leigos aconteceu no verão de 1980 a 1ª Escola de Evangelização no México, chamada de Escola dos Apóstolos, com a participação de 42 pessoas, entre eles dois sacerdotes.
A Escola de Evangelização Escola dos Apóstolos se mudou para a cidade de Guadalajara com o objetivo de formar dirigentes de comunidades cristãs. Participaram pessoas de diferentes estados da república mexicana, surgindo assim a equipe itinerante de serviço, mediante a qual cresceu notavelmente a atividade evangelizadora.
No ano de 1983, no Haiti e na presença dos Bispos do CELAM, o Papa João Paulo II apelou e convocou todo batizado para uma grande pescaria, como aquela de Lc 5, uma pesca realmente milagrosa que faça a barca de Pedro transbordar de novos e grandes peixes.
A este inusitado empreendimento denominou-se NOVA EVANGELIZAÇÃO.
Em 1987 a Escola dos Apóstolos se integrou ao Projeto Evangelização 2000, com o qual teve um alcance latino-americano, onde foram geradas mais de 200 escolas. Neste período, a visão ampliou-se com o fator multiplicador e foi aprimorada aEstratégia e a Metodologia, uma vez que as escolas adquiriram uma dimensão eclesial.
Em 1994, José H. Prado Flores fundou a Escola de Evangelização Santo André, originária da Escola dos Apóstolos. Em 1995 nasceu o Projeto Santo André e foi instaurado o Escritório Internacional tendo como Diretor José H. Prado Flores. O Projeto Santo André nasceu da missão de evangelizar com grande poder para dar um fruto abundante que permaneça (Jo 15,8.16). A sua missão está fundamentada em At 4,33:
" Os apóstolos davam testemunho da ressurreição do Senhor Jesus com grande poder" Em 1999 aconteceu o I SEMINÁRIO INTERNACIONAL. O SI é realizado em diferentes continentes para capacitar formadores de formadores de todo o mundo.
No Brasil tomou grande impulso no final do 2º milênio quando Jesus recebeu um grande presente, um Brasil mais evangelizado. No ano do grande jubileu, irmanados pela voz do Santo Padre no documento Novo Milennio Ineunte, todo o Brasil "se fez ao largo" para uma grande pesca (Lc 5,4).
Foi neste contexto que as Escolas de Evangelização do Brasil resolveram escutar a voz do Bom Pastor, confiando apenas na Palavra de Cristo "Duc in altum", e lançar as redes para a realização de uma pesca milagrosa.
No ano de 2001 foi designado, por José H. Prado Flores, diretor internacional da Escola de Evangelização Santo André, Paulo Roberto da Silva Lopes, da Arquidiocese do Rio de Janeiro, como responsável pelo Escritório Nacional da Escola de Evangelização Santo André.
No ano de 2002, com a presença de José H. Prado Flores foi realizado o I Seminário Nacional contando com a participação de diversas Escolas de todas as regiões do país.
No ano seguinte, 2003, aconteceram 3 Seminários Regionais difundindo ainda mais a EESA.
Em 2004, tivemos novamente do Rio de Janeiro, o II Seminário Nacional novamente com a presença do Diretor Internacional da Escola de Evangelização Santo André, José H. Prado Flores, onde foi firmado o compromisso de evangelizar em unidade com o Projeto QUEREMOS VER JESUS da Igreja no Brasil.
Em Julho de 2005 foram realizados 2 Seminários Regionais: um em Assis/SP e outro em Juiz de Fora/MG, onde divulgou-se ainda mais a Boa Nova do Senhor Jesus.
No final de 2006 foi instaurado no Brasil um Conselho Nacional com representantes das diversas regiões, visando dotá-la de maior pluralidade e expressão da Igreja no Brasil. Na ocasião foi eleito o Padre Vandaike Costa Araújo, de Vitória-ES, como Coordenador Nacional, para um mandato de três anos.
Em Julho de 2007 aconteceu o IV Seminário Nacional em Luziânia-GO.
Em Outubro de 2008 foi eleita como diretora Nacional das EESAs no Brasil , Ângela M. Chineze, de Londrina - PR, também para um mandato de três anos.
Em Outubro de 2009, o Exmmo Cardeal Geraldo Majjela, aceitou o convite para representar as EESAs de todo o Brasil frente a CNBB.
Hoje, o Escritório Nacional encontra-se nas dependências do Centro Pastoral de Londrina, com horário de atendimento no período vespertino.
